生物機能応用科学専攻は、動植物、微生物及び水産生物資源が有する諸機能の解明と、それに基づいた知見により、本地域及び国際社会が抱える食料・エネルギー・環境問題に貢献できる高度専門技術者の養成を目的としている。そのために、微生物が有する潜在機能を解明し、環境汚染物質の分解や地域バイオマス資源の有用物質への変換に関する教育研究を行う。
また、動植物や食品が有する機能性評価システムの構築や、機能性物質検索システムの開発に関する教育研究を行う。
さらに、水域生物の高度有用活用のために、機能性水産食品の開発や高機能性物質の探索、温暖な気候を反映した特徴的な水域生態系の保全と適正な資源管理、並びに水域環境の保全と水産生物の効率的生産を両立させる先端的高度水産増養殖技術について教育研究を行う。
特に本専攻では、微生物学、酵素工学、培養工学による地域バイオマス資源の機能解明とその利用技術の開発、動植物及び微生物を利用した環境保全技術開発・遺伝子解析と生体情報工学との連携による食生活の改善、新規健康食品及び医薬品の開発などに関して、農学と工学が連携・融合して総合的な教育研究を行い、地域社会のニーズや国際的諸課題に対応できる人材養成を目指す。
博士（農学）、博士（工学）、博士（学術）
本教育コースでは、動植物や微生物の持つ生命機能を活用して食と健康・生物資源・環境を包括的に捉え、生化学・遺伝子工学・生物工学・食品機能科学などについての教育研究を行う。微生物が有する潜在機能を開発し、環境汚染物質の分解や地域バイオマス資源の有用物質への変換について分子レベルから培養工学の分野まで、農学と工学が連携して教育する。また、地域の食品が持つ機能性評価システムの構築や、機能性物質の検索システムの開発に関する教育を行い、これら食品中の機能性物質に対する生体調節機構や解毒代謝を細胞レベルでの解明に関する教育へと発展させた教育を行う
本教育コースでは、水生生物を利用した有効物質の探索、食品の開発、有効微生物の探索と応用、水産資源の管理に関わる、水域生物の生態系及び遺伝学的解析、水産増養殖に関しての教育研究を行う。この分野では、人間社会と水域環境との関わりから生ずる環境問題、資源管理、生態系の保全、食料問題を水産科学的に捉える必要があり、水域生物に関わる課題に対応できる教育研究を行う。