当フィールドの運営に当たっては、運営に関する重要事項を審議するため、宮崎大学農学部附属次世代農学教育研究センター運営委員会を設置しています。同運営委員会は、センター長を委員長とし、農学部各領域の領域長、農学部事務長、実務委員会４部門の部門長および各フィールドの附帯施設長より構成されています。

また、地域との連携活動を推進するため、学内教員および地域関係者より構成される地域協議会を設置し、地域から次世代農学教育研究センターへの提言・要望について協議を行っています。さらに、センターを利用して行われる実習教育および研究活動を推進するため、センター長を委員長とし、各領域教員から選出された委員により構成される実務委員会が、その活動内容等についての審議を行っています。

住吉フィールドでは、学外委員を含む共同利用運営委員会を設置し、学外組織の共同利用促進に取り組んでいます。日常的な運営に関しては、センター長を中心に、各フィールドの附帯施設長および技術専門員・専門職員からなるセンター職員会議によって必要事項を協議しています。実習の際には、農学部（主に動植物資源生命化学領域と獣医学領域）教員による協力を得ながら、実践教育の充実に取り組んでいます。