宮崎大学では、生命科学、環境科学等の学際的分野に特色を持った教育研究を多角的かつ柔軟に展開している。農学工学総合研究科は、農学と工学の学問的背景と連携協力の実績を踏まえて、農学と工学が連携・融合した教育研究領域の深化を図り、広範な知識に基づいた総合的判断力と高度な研究能力を備え、技術・知識基盤社会の形成に資する高度専門技術者の養成を目指す。
そのために、次の三専攻からなる農学工学総合研究科を設置する。