農学工学総合研究科の特色ある研究を推進するため、５つの研究ユニットを設けています。
| スマートアグリユニット | 資源循環ユニット | 食の科学ユニット | 防災・減災ユニット | 数理情報研究ユニット | ||
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| 健康寿命日本一に向けた異分野融合研究 | ・生活習慣病及び血管・循環器疾患の予防と治療に関する研究 |  |
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| ・がん・難治性疾患の予防と診断・治療に関する研究 | |
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| ・人獣共通感染症・新興再興感染症制御に向けた基盤研究 | |
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| ・HTLV-1感染症等ウイルス性疾患のメカニズムと治療法開発 | |
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| ・超高齢化社会における認知症予防等心身機能の維持・回復に よるQOLの向上 | |
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| ・機械知能を利用したQOLの向上と社会への応用 | |
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| ・遠隔医療の導入と地域医療の高度化 | |
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| ・精神神経障害の研究と自殺防止 | ||||||
| ・体内現象の工学的解釈とその応用 | |
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| ・食の機能性と安全性評価 |  |
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| 多様性を重視した地域社会の基盤構築 | ・すべての幼児・児童・生徒に対する学びの創造に関する研究 | |||||
| ・多様なリカレント教育・生涯学習のプログラム開発 | ||||||
| ・次世代を育む周産期母子から乳幼児までの総合的ケア | ||||||
| ・出生前から終末期までの医療と社会の円滑なコミュニケーションの実践 | ||||||
| ・地域全体を対象としたコホート研究と災害医療を含む包括的医療ネットワークの構築 | ||||||
| ・地域社会のニーズに対応する柔軟で強靱な医療人育成実践研究 | ||||||
| ・地域農業のスマート化による高効率化 | 
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| ・地域社会及び環境と調和したレジリエントな社会の構築 |  |
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| ・多文化共生社会における地域・交流・人材マネジメント研究 | 
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| 持続可能な社会を目指した次世代産業の創出 | ・カーボンニュートラル達成に貢献する再生可能エネルギー技術とその利用の高効率化 | 
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| ・電気通信技術の基盤を支える技術要素の高度化 | |
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| ・有機無機新規機能性材料の開発 |
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| ・宇宙・惑星・地球で起こる様々な自然現象の理解 | |
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| ・農林水産物の品種改良及び生育環境の制御による高品質、高収量化 |
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| ・中山間地を含む地域の文化・資源を活用した経済基盤の強化 | 
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| ・地域の生物資源と自然環境を活用した暖地型農林水産業の活性化 | |
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| ・生態系サービス発揮機構の解明に基づく持続可能な生態系管理手法の開発 |
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| ・生物多様性の評価と保全及びその利活用 |
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| ・動植物・微生物の生理的機能及び生体機構の解明 |
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| ・動物の新規診断・治療法及びと防疫方法の開発 | |
